با هدف جهت ­دهی حمایت­‌های مالیاتی به سمت توسعه نوآوری و اقتصاد دانش‌­بنیان بر اساس بند (ب) ماده (11) قانون جهش تولید دانش‌­بنیان شرکت‌­های دارای فعالیت‌­های تحقیق و توسعه از اعتبار مالیاتی برخوردار می­‌شوند. به این نحو که معادل هزینه­‌های انجام شده در پروژه‌­های تحقیق و توسعه به عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به شرکت‌­های دارای پروانه بهره‌­برداری یا مجوز فعالیت از مراجع ذی‌ربط اعطا می­‌شود و معادل آن از مالیات بر عملکرد مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سال­‌های بعد کسر می­‌شود.

پروژه تحقیق و توسعه مشمول اعتبار مالیاتی مجموعه­‌ای از فعالیت­‌های فناورانه است که سطح فناوری محصولات، خدمات یا فرآیندهای حاصل از پروژه‌­های تحقیق و توسعه باید در حوزه فناوری‌­های بالا یا متوسط به بالا منطبق با فهرست کالاها و خدمات دانش بنیان یا معیارهای تفصیلی منتشر شده برای کالاها و خدمات دانش بنیان باشد. هم­چنین لازم است محصولات، خدمات یا فرآیندهای حاصل از آن در سطح صنایع مربوطه در کشور جدید باشد. هزینه‌­کرد در پروژه­‌های تایید شده مطابق آیین­‌نامه و دستورالعمل اجرایی این برنامه در سرفصل­‌های فضای کار اختصاصی تحقیق  وتوسعه، ماشین‌­آلات و تجهیزات، نیروی انسانی، مواد اولیه و قطعات مصرفی، تاییدیه ها و استانداردها و همکاری فناورانه به عنوان هزینه‌­کرد تحقیق و توسعه مورد پذیرش خواهد بود.

برای برخورداری از اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه شرکت­‌های متقاضی باید  پروژه­‌های تحقیق و توسعه پیشنهادی خود را در قالب تعیین شده ارسال نمایند. پس از تایید پروژه توسط دبیرخانه، شرکت در پایان سال مالی هزینه­‌کرد مربوط به پروژه در سرفصل‌­های مورد پذیرش را به همراه اسناد مالی اظهار می­‌کند. دبیرخانه با ارزیابی پیشرفت پروژه و اسناد ارائه شده میزان هزینه‌­کرد در پروژه­‌های مصوب را تعیین کرده و به سازمان امور مالیاتی اعلام می‌­نماید.